A partir de 1683, Fontaynous devient la résidence de l'abbé commendataire de Loc-Dieu. Par le passé, la tour abritait un escalier.
A l'origine le domaine appartenait aux moines de Conques. Loc-Dieu l'acquiert à la fin du XIIe siècle contre une redevance en grain.
La construction du logis fortifié en forme de tour date du XVe siècle. C'était la résidence d'été des abbés réguliers. Après 1683, les abbés commendataires demeureront à Fontaynous.
Merlet n'apparait pas dans les registres de vente de biens nationaux, peut être parce que le domaine avait été cédé par Loc-Dieu avant la Révolution.
L'église qui était à l'entrée du village, a été détruite avant 1789. Les bâtiments derrière le cavalier, avec devant une porcherie, datent des années 1950. La tourelle et le bâtiment de gauche sont plus anciens.
Désormais, la porcherie a disparu devant la maison d'habitation. Une petite terrasse a été construite devant la tour.
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