Suite aux décrets de l'Assemblée Nationale des 2 novembre 1789 et 13 février 1790, les ordres religieux sont dissous. Les derniers moines quittent Beaulieu en 1790 et l'Abbaye est fermée.
Suite à la vente des biens nationaux, le 10 avril 1791, Joseph Perret de Saint-Antonin devient propriétaire du monastère de Beaulieu et de l'ancienne grange de Bosc-Gayral. Il transforme l'église en hangar agricole. A son décès en 1826, il lègue l'abbaye à la commune de Saint-Antonin, qui en prendra possession en 1839 à la disparition de sa veuve.
L'abbatiale sera propriété de Saint-Antonin alors que le domaine agricole sera racheté par Monsieur Auguste Coste en 1845. En 1872 il acquierera l'abbatiale et refait ainsi l'unité du domaine.
Entre 1842 et 1858 divers projets concernant l'abbatiale seront élaborés (transfert à Saint-Antonin, affectation à la paroisse de Ginals ou de Cornusson ...) sans heureusement aboutir.
En 1875, l'église est classée au titre des Monuments historiques, le reste des bâtiments conventuels le sera en 1942. A partir de là, divers propriétaires vont se succéder jusqu'en 1959.
Affiche de mise en vente du domaine agricole de Beaulieu, le 15 novembre 1844 par la municipalité de Saint Antonin qui garde l'abbatiale.
Journal "Le narrateur" 18 janvier 1845 - Archives départementales de l'Aveyron
En 1953 au hasard d'une promenade, le couple de collectionneurs d'art parisien découvre l'abbaye de Beaulieu en ruine et en tombe amoureux.
Ils ont pour projet la restauration et la création d'un "centre d'art". Des travaux d'études sur l'histoire et l'architecture de l'abbaye seront menés par l'architecte Jean-Pierre Jouve en 1963.
Les travaux de conservation et de restauration seront confiés par à d'autres architectes et prendront 10 ans.
Geneviève BONNEFOI et Pierre BRACHE en 1957 Archives du CMN
Le 18 décembre 2015, Geneviève Bonnefoi très émue, racontait la découverte de Beaulieu, cinquante cinq ans auparavant.
Témoignage recueilli par N. Revel.
En 1973, Geneviève Bonnefoi et Pierre Brache cèdent l'abbaye et une imposante collection d'art moderne à la Caisse Nationale des Monuments Historiques et des Sites, tout en gardant un usufruit partiel et en y installant une association culturelle. Le site de Bosc-Gayral restera quant à lui une propriété privée.
Successeur de la Caisse, le Centre des Monuments Nationaux a en charge la gestion du site et est maître d'ouvrage sur tous les travaux du domaine de l'abbaye, dont les travaux d'entretien, de réparation et de restauration.
Geneviève Bonnefoi décède en 2018. Les parties de l'abbaye dont elle avait encore l'usufruit deviennent disponibles pour le musée d'art moderne.
Un grand programme de refonte est alors lancé en 2019 pour une réouverture prévue courant 2022.
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